Ambientada em um Japão alternativo de 1969, um grupo especial de adolescentes foi reunido sob uma operação secreta do governo conhecida como Aegis, para combater um inimigo que tenta dominar a Terra... chamado simplesmente de "Invasor". O Invasor pode transformar cidadãos comuns em zumbis sob seu controle, e apenas os agentes da Aegis, chamados de Gate Keepers, possuem a habilidade especial de abrir o "Portão" que separa a dimensão do Invasor da nossa, e ser capazes de erradicá-los. A série começa com o estudante comum do ensino médio Ukiya Shun testemunhando um ataque de um Invasor, e rapidamente percebendo que ele é um daqueles com poder especial, é doutrinado na Aegis. Cada agente possui uma habilidade e método de ataque diferente, tudo desde flechas mágicas até música de piano alucinógena! Crucial para a história também é a jovem Ruriko, uma membro experiente da Aegis que tem que se esforçar para provar seu valor após a entrada do obviamente poderoso Shun na equipe.