Um plano secreto do governo para desenterrar figuras históricas e cloná-las deu certo. Seisze anos depois, os clones agora estão no ensino médio. Os cinco personagens principais são Abe Lincoln, um cara legal, mas ingênuo, que deseja a escola sexpot Cleópatra, que está namorando o machão JFK. Além disso, os dois melhores amigos de Abe são Joana d'Arc, uma garota gótica cheia de angústia que está apaixonada por ele, e Gandhi, um festeiro incansável. Clone High aborda corajosamente questões desafiadoras da adolescência, como privação de sono, pegar TDAH de assentos de banheiro, os males do lixo e ter o cara que você gosta não gostar de você da mesma forma que você gosta dele. Será que Abe vai ficar com Cleo, ou será atrapalhado pelo bonito JFK? Será que Joana finalmente fará Abe notar ela? Quem pode dizer?