O mundo é secretamente controlado por uma organização secreta, a Chronos. Sob o comando desta misteriosa organização estão os Chronos Numbers, um grupo de poderosos assassinos, que recebem ordens para eliminar certos alvos secretamente para manter a chamada paz. Um dos mais poderosos é o Número XIII, Train Heartnet, também conhecido como Black Cat. No início, ele parece ser um assassino cruel, no entanto, um encontro com uma garota Sweeper o mudou completamente. Agora como um Sweeper, Train viaja com seu parceiro Sven Vollfield para caçar criminosos.