Um futuro próximo, onde os humanos foram derrotados pelos parasitas virais chamados Gastrea. Eles foram exilados em um pequeno território e vivem em desespero, lado a lado em terror. Neste mundo preso na escuridão— Rentaro, um garoto que vive perto de Tóquio e membro da "Segurança Civil"—uma organização especializada em combater os Gastrea—está acostumado a realizar tarefas perigosas. Sua parceira é Enju, uma garota jovem e precoce. Eles lutam graças aos seus poderes peculiares até que um dia, quando recebem uma missão especial do governo. Esta missão ultrassecreta é impedir a destruição de Tóquio... Ambientada em um futuro próximo, esta emocionante história de ação heroica... começa agora!