"Threat Matrix" to godzinny dramat opowiadający o wysoce wyspecjalizowanej, elitarnej grupie zadaniowej, powołanej do reagowania na raport "Threat Matrix" – dokument przedstawiany Prezydentowi każdego ranka, identyfikujący największe aktualne zagrożenia dla bezpieczeństwa USA. Misją zespołu jest ochrona kraju przed zagrożeniami międzynarodowymi i krajowymi, wykorzystując ich połączoną wiedzę i najnowocześniejszą technologię, aby pomóc im w walce z wieloma obliczami terroru i wrogami, którzy pragną zniszczyć nasz sposób życia. Zabierając widzów za kulisy nagłówków i do świata bezpieczeństwa wewnętrznego, "Threat Matrix" dramatyzuje to, co robimy w dziedzinie bezpieczeństwa wewnętrznego, dlaczego to robimy i czy to działa. Liderem tej jednostki jest agent specjalny John Kilmer. Ten były agent FBI posiada upoważnienie Białego Domu do korzystania z umiejętności technicznych, siły ognia i specjalistycznych agentów FBI, CIA i NSA, między innymi. Kilmer podlega pułkownikowi Rogerowi Atkinsowi, oficerowi łącznikowemu Prezydenta ds. operacji. Była żona Kilmera, agentka specjalna Frankie Ellroy-Kilmer, to wysoko wyszkolona ekspertka od przesłuchań i "profilerka", której umiejętności pozwalają jej złamać najbardziej zatwardziałych wrogów. W skład pozostałych członków zespołu Kilmera wchodzą: Mo, były egipsko-amerykański agent CIA; Lia "Lark" Larkin, była specjalistka FBI ds. kryminalistyki; Tim Serrano, agent DEA z Miami; oraz Jelani, afroamerykański geniusz komputerowy, który przechwytuje sygnały telefoniczne, faksowe i radiowe z całego świata i wspiera zespół najnowszą technologią NSA.