Po tym, jak jego holenderski statek handlowy Erasmus i jego ocalała załoga zostają wyrzucone na brzeg przez gwałtowny sztorm w Injiro na wschodnim wybrzeżu Japonii, pilot-major John Blackthorne, angielski nawigator statku, zostaje wzięty do niewoli przez wojowników samurajskich. Kiedy później zostaje tymczasowo zwolniony, musi pogodzić swoją tożsamość Anglika, związanego z innymi Europejczykami w Japonii, a mianowicie portugalskimi kupcami i księżmi jezuickimi, z obcą japońską kulturą, w której został wrzucony i do której musi się teraz przystosować, aby przetrwać. Jako Anglik, Blackthorne jest w konflikcie religijnym i politycznym ze swoim wrogiem, Portugalczykami i jezuickim zakonem Kościoła katolickiego. Katolickie wpływy w Japonii stawiają Blackthorne'a, protestanta, a tym samym heretyka, w politycznej niekorzystnej sytuacji. Ale ta sama sytuacja przyciąga również uwagę wpływowego pana Toranagi, który nie ufa tej obcej religii rozprzestrzeniającej się obecnie w Japonii. Rywalizuje on z innymi samurajskimi wodzami o podobnie wysokim urodzeniu, wśród nich z nawróconymi katolikami, o bardzo potężne stanowisko Shōguna, wojskowego gubernatora Japonii.