W 1999 roku na wyspie South Atalia rozbija się statek kosmiczny. Ludzie dowiadują się, że nie są sami w kosmosie. Dziesięć lat później statek zostaje odbudowany i nazwany SDF-1 Macross. Jednak w dniu jego startu na Ziemię przybywa gatunek zwany Zentraedi, rozpoczynając wojnę UN Spacy przeciwko Zentraedi, która na zawsze zmienia historię tych dwóch gatunków.