W świecie, gdzie czas płynie jak żółw, a krew sąsiada jest niebieska, 17-letni licealista Ayato Kamina toczy swoje codzienne życie w Tokio Jupiter, nieświadomy otaczającego go świata, wychowany w przekonaniu, że cała cywilizacja poza Tokio została zniszczona. Lecz wszystko się zmienia, gdy tajemnicza cywilizacja "MU" najeżdża jego dom, zsyłając z nieba zniszczenie w postaci dziwnych potworów zwanych Dolems. Wydarzenia, które nastąpią, doprowadzą Ayato do tajemniczej kobiety o imieniu Reika Mishima, do prawdy o ich istnieniu, do odkrycia, czym i kim jest, oraz do potężnego anielskiego robota RahXephon.