Major Motoko Kusanagi to piękna, ale śmiertelnie niebezpieczna cyborg, która jest dowódcą Sekcji 9 - tajnej jednostki japońskiego rządu, powołanej do walki z terroryzmem i wojną cybernetyczną. Otoczona przez doskonale wyszkolony zespół, Motoko staje przed swoim największym wyzwaniem - Śmiejącym się Człowiekiem - terrorystą, który wiele lat temu zorganizował porwanie i szantaż, a teraz nagle się pojawił. Aby odkryć tożsamość tego enigmatycznego przestępcy, Motoko i Sekcja 9 zostają wciągnięci w śmiertelny labirynt, w którym będą musieli wykorzystać wszelką swoją wiedzę, aby przeżyć.