Makoto Mizuhara pracuje nad swoim najnowszym eksperymentem w szkolnym laboratorium, ale kiedy robi sobie przerwę, pojawia się jego odwieczny rywal Katsuhiko Jinnai i próbuje zniszczyć urządzenie oraz zdyskredytować Makoto. To przeciąża eksperyment i przenosi Makoto, Jinnai, jego siostrę Nanami i ich nauczyciela, pana Fujisawę, do dziwnego i wspaniałego świata El Hazard. Makoto i Fujisawa lądują prosto w Królestwie Rosztarii i szybko zaprzyjaźniają się z księżniczką Rune Venus. Jinnai sprzymierza się z Bugrom, rasą gigantycznych owadów dążących do przejęcia El Hazard, podczas gdy jego siostra próbuje jakoś przeżyć na pustyni. Makoto desperacko szuka sposobu na powrót do domu, jednocześnie odpierając ataki Bugrom, zaciągając pomoc Świętych Kapłanek i powstrzymując boga demonów Ifuritę przed zniszczeniem wszystkiego.