Światem potajemnie rządzi tajna organizacja, Chronos. Pod dowództwem tej tajemniczej organizacji działają Chronos Numbers, grupa potężnych zabójców, wykonujących rozkazy eliminacji określonych celów w ukryciu, aby utrzymać tak zwany pokój. Jednym z najpotężniejszych jest Numer XIII, Train Heartnet, znany również jako Czarny Kot. Początkowo wydaje się być okrutnym zabójcą, jednak spotkanie z dziewczyną Sweeper całkowicie go zmieniło. Teraz jako Sweeper, Train podróżuje ze swoim partnerem Svenem Vollfieldem, ścigając przestępców.