수영을 좋아하는 쿄는 유일한 부원인 고등학교 수영부를 어떻게든 유지하려고 애쓴다. 학생회에서 부 폐쇄 위기에 직면한 그는 홍보 영상 촬영을 위해 미소녀 미사키를 섭외하려 한다. 영상은 그의 절친 료코가 촬영하며, 이를 통해 신입 부원 모집에 나설 계획이다. 미사키는 쿄가 외계 종족 가르드-옴이 지구에 세운 데우테라 지역을 파괴하려는 저항 조직 셀레브럼의 지휘 아래 메카를 조종하는 것에 동의한다면 협력하겠다고 한다. 쿄는 이를 수락하지만, 마치 예전에 해본 것처럼 모든 것이 이상하게 익숙하게 느껴진다...