남녀가 각기 다른 행성에서 살아가는 먼 미래, 하급 정비공 히비키는 남성 군대가 만든 거대 전투 병기인 '뱅가드'의 조종사가 되기를 꿈꾼다. 그는 여성 해적들이 '드레드'라 불리는 함선으로 공격해오는 시기에 군함에 몰래 잠입한다. 전투 도중, 남성 함선과 여성 함선이 우연히 충돌하여 '니르바나'라 불리는 새로운 함선으로 합쳐지고, 히비키와 다른 두 남성은 여성들로 가득 찬 승무원들과 함께 우주의 깊은 곳에 고립된다. 이제 인류 전체를 위협하는 새로운 적에 맞서 생존하기 위해 남녀는 서로 함께 살아가는 법을 배워야만 한다.