2030년대. 소년 탐정단은 신비로운 탐정 아케치 고고로 아래 모인다. 이 그룹은 각자의 독특한 능력을 활용하여 크고 작은 사건들을 해결한다. 어느 날, 탐정단의 일원인 하나자키 켄스케는 소년 고바야시 요시오를 만난다. 고바야시의 몸은 "정체불명의 안개"의 영향으로 죽을 수 없지만, 그는 죽음을 갈망하며 다른 사람들과의 접촉을 피한다. 하나자키는 그에게 관심을 가지게 되어 소년 탐정단에 가입할 것을 초대한다. 이들의 만남은 아케치 고고로와 시대의 가장 큰 악당인 '스무 개의 얼굴을 가진 악당'을 연결하는 운명과 얽혀 있다.