스티치 & 아이는 <스트로이 & 스티치>의 사건 이후를 다룹니다. 스티치는 자신을 이용해 파괴적인 유전 실험을 하려는 우주 범죄자들에게 납치됩니다. 하지만 그는 중국 황산으로 탈출하고, 그곳에서 언니 지지에와 헤어질 위기에 처한 활기찬 소녀 아이를 만나 친구가 됩니다. 스티치는 아이의 '개'가 되어주고, 둘은 서로의 문제를 해결하도록 돕습니다. 아이는 스티치가 우주 범죄자들을 상대하도록 돕고, 스티치는 아이가 가족과 함께 산에 머물 수 있도록 돕습니다.