미나토 사하시(Minato Sahashi)는 비상한 두뇌를 가졌지만, 압박감 속에서 제대로 대처하지 못하는 약점 때문에 두 번이나 대학 입학 시험에 낙방했다. 그 결과 많은 사람들에게 바보이자 루저라는 낙인이 찍혔다. 어느 날, 또다시 실망한 어머니와 대화를 나눈 후 그는 공격받고 있던 무스비(Musubi)라는 소녀와 마주치게 된다. 소녀는 도망치지만 미나토를 데리고 함께 간다. 곧 미나토는 자신도 모르는 사이에, 108명의 귀여운 소녀, 글래머러스한 여성, 그리고 비쇼넨이라 불리는 '세키레이(Sekirei)'들과 파트너가 될 수 있는 유전적 특성을 가진 신비로운 존재인 아시카비(Ashikabi) 중 한 명이라는 사실을 알게 된다. 이 파트너십의 이유는 세키레이들이 신비로운 MBI 기업이 주최하는 대회에서 승리하기 위해 모든 힘을 사용할 수 있게 하기 위함이다.