시크릿 서비스는 MI6의 고위 관리인 케이트 헨더슨의 이야기를 따라갑니다. 겉보기에는 평범한 삶을 사는 그녀는 두 명의 십대 자녀와 함께 행복한 가정을 꾸리고 있으며, 공무원으로 일하고 있습니다. 하지만 케이트의 진짜 직업은 비밀정보국 러시아 담당 팀장입니다. 그녀의 비밀 작전이 영국 고위 정치인이 러시아의 고위급 자산일 가능성이 있다는 충격적인 증거를 밝혀내면서, 케이트는 그들의 신원을 밝히기 위한 시간과의 싸움에 돌입합니다. 그러던 중 젊은 여성이 잔혹하게 살해당하면서 케이트와 그녀의 팀은 세간의 주목을 받게 됩니다. 손에 피를 묻히고, 명예를 지켜야 하며, 가족은 위태로운 상황에 놓여 있고, 선거가 다가오는 가운데 케이트는 빠르게 선택의 여지를 잃어가고 시간은 흘러갑니다….