이성(理性)을 상징하는 블루 월드는 본능(本能)을 상징하는 레드 월드에서 온 나이트플라이 오노트라는 생명체들의 끊임없는 공격을 받고 있다. 블루 월드의 연구원인 17세의 주인공 아사기 아키라는 이시가키 섬과 이리오모테 섬에 위치한 자랑스러운 방어 시설인 류큐 LAG에서 전쟁을 이끌도록 지명된다. 그녀는 격렬한 전투 끝에 제5부대가 전멸한 지 4년 만에 결성된 제6 전투 부대 'IS'를 만나게 된다. 아키라는 이 여섯 명의 라이더, 즉 스케어드 라이더 젝스라고도 불리는 이들을 이끌고 다른 세계와 싸우는 동시에 그들 사이의 관계를 더욱 깊게 만들어야 한다.