벚꽃 잎이 흩날리는 봄, 유우 나루카미는 집안 사정으로 인해 삼촌과 사촌과 함께 야소이나바에서 살게 된다. 그는 야소가미 고등학교로 전학 가고, 그의 사건으로 가득 찬 학교생활이 시작된다. 하지만 평화로운 마을에 연쇄 살인 사건이 발생하면서, 유우는 마음이 물리적인 형태로 발현된 힘, 페르소나의 힘을 각성하게 된다. 이 새로운 미스터리 속에는 벨벳 룸의 거주자이자 과거의 기억을 잃은 마리가 있다. 친구들과 함께, 유우는 자신 앞에 놓인 모든 수수께끼를 풀고 야소이나바를 더 이상의 폭력으로부터 구해야 한다.