초자연 현상 연구에 전념하는 기관인 발트슈타인 학원은 오컬트 학원으로도 알려져 있습니다. 마야 쿠마시로는 전 교장이자 아버지인 쿠마시로 준이치로의 장례식에 참석하기 위해 이 곳으로 돌아옵니다. 오컬트를 혐오하는 회의론자인 마야는 미래에서 온 시간 요원인 우치다 후미아키를 만납니다. 그는 1999년으로 보내져 노스트라다무스의 종말 예언이 실현되는 것을 막으려 합니다. 예언에 따르면 이 학교는 세상을 멸망시킬 대재앙의 진원지가 될 것이라고 합니다. 그들은 아버지의 죽음에 얽힌 진실을 밝혀내기 위해 힘을 합쳐야 합니다. 또한, 세상의 끝을 촉발하는 열쇠가 무엇인지 알아낼 시간도 촉박합니다.