미지의 소녀 나디아와 젊은 프랑스 발명가 장을 중심으로 이야기가 펼쳐집니다. 이야기 초반, 두 주인공은 나디아가 소지한 푸른 보석 펜던트를 노리는 보석 강도 집단, 그랑디스 그란바, 상송, 한손에게 쫓깁니다. 네모 선장과 그의 잠수함, 슈퍼 씨 크루저 노틸러스에 의해 구조된 후, 보석 강도들과 젊은 주인공들은 힘을 합쳐 세계를 지배하려는 네오 아틀란티스 세력에 맞서 싸우게 됩니다. 이 과정에서 나디아와 장은 가고일이 이끄는 네오 아틀란티스 세력의 폭력적인 지배로부터 세계를 구하고, 세상의 신비와 푸른 펜던트의 힘을 탐구하며, 나디아의 숨겨진 가족 관계를 밝혀내고, 마침내 나디아의 비밀스러운 기원을 발견하게 됩니다.