카이토 쿠로바의 아버지가 의문의 죽음을 맞이하자, 그는 아버지의 비밀스러운 정체를 알게 된다. 바로 국제적인 악명 높은 괴도 1412, '팬텀 시프'였던 것이다. 아버지는 불멸을 선사하는 보석, '판도라의 보석'을 넘겨주길 거부했다는 이유로 비밀 조직에게 살해당했다. 카이토는 그 조직이 보석을 손에 넣는 것을 막기로 맹세하고 아버지의 정체를 이어받는다. 그는 엄청난 보안 시설에서 흥미로운 역사를 지닌 유명하고 값비싼 보석들을 조사하고 훔치지만, 다음 보름달이 뜨면 항상 돌려준다.