서기 2067년, 마크로스 프론티어 사건으로부터 8년 후, 치명적인 신종 질병인 '바르 증후군'이 은하계를 위협한다. 발키리 '델타 부대'의 보호 아래 있는 전술 음악 유닛 '발큐레'가 이 새로운 위협에 맞서 함께 싸우기 위해 뭉친다. 바르 증후군 발병 중, 발큐레 유닛은 갑자기 바람의 왕국에서 온 수수께끼의 발키리 부대 '에어리얼 나이트'의 공격을 받게 되는데, 그 동기는 여전히 미스터리로 남아있다...