이 애니메이션의 배경은 스고모리 시라는 가상의 일본 도시입니다. 어느 날, 소노사키 노리코는 같은 반 친구인 아가타 카츠히라에게 "너는 키즈나이버로 선택되었어."라고 말합니다. 카츠히라의 상처를 공유하게 하는 키즈나 시스템은 자신과는 전혀 다른 삶과 성격을 가진 반 친구들과 그를 연결합니다. 키즈나 시스템은 상처를 통해 사람들을 연결하는, 세계 평화 실현을 위한 불완전한 시스템입니다. 이 시스템에 연결된 모든 사람을 키즈나이버라고 부릅니다. 한 키즈나이버가 상처를 입으면, 시스템은 그 상처를 다른 키즈나이버들에게 분산시켜 전달합니다. 스고모리 시는 간척지에 건설되었지만, 시간이 지남에 따라 도시의 인구는 감소하고 있습니다. 이야기는 카츠히라와 다른 사람들이 살고 있는 이 도시를 배경으로 합니다.