2029년, 지중해에서 대규모 지반 침하가 발생한다. 산소, 탄소, 금, 몰리브덴, 코발트와 같은 화학 원소들이 갑자기 지구 지각에서 사라진다. 인류는 60년 만에 90% 감소한다. 연구원들은 사라진 원소들이 다른 차원에 존재하는 행성 '네가 지구'로 빨려 들어갔다는 사실을 알아낸다. 지구를 구하기 위해 '엘리먼트 헌터'라는 특수팀이 조직된다. 팀원들은 모두 13세 미만인데, 이는 '네가 지구'에 접근하기 위해 젊고 유연한 두뇌가 필요하기 때문이다.
