비밀 정부 계획이 역사적 인물들을 발굴하고 클론을 만드는 데 성공했다. 16년이 지나고, 이제 클론들은 고등학교에 다니고 있다. 다섯 명의 주인공은 에이브 링컨, 전반적으로 착하지만 순진한 성격의 소년으로, 학교의 섹스팟 클레오파트라를 짝사랑하고 있으며, 그녀는 마초적인 JFK와 사귀고 있다. 또한, 에이브의 두 가장 친한 친구는 그를 사랑하는 고뇌에 찬 고스 여학생 잔 다르크와 끊임없이 파티를 즐기는 간디이다. '클론 하이'는 수면 부족, 변기에서 ADD 전염, 쓰레기의 악, 좋아하는 남자가 나를 같은 방식으로 좋아하지 않는 문제 등과 같은 도전적인 청소년 문제를 용감하게 다룬다. 에이브는 클레오와 사귀게 될 것인가, 아니면 잘생긴 JFK에게 방해를 받을 것인가? 잔은 드디어 에이브의 관심을 끌 수 있을까? 누가 알겠는가?