세상은 비밀 조직 '크로노스'에 의해 은밀히 조종되고 있다. 이 신비로운 조직의 지휘 아래, 소위 평화를 유지하기 위해 특정 목표물을 비밀리에 제거하라는 명령을 수행하는 강력한 암살자 집단, '크로노스 넘버즈'가 존재한다. 그들 중 가장 강력한 존재 중 하나인 넘버 XIII, '블랙캣'으로도 알려진 트레인 하트넷. 처음에는 잔혹한 살인자로 보였지만, 어느 날 만난 소녀 '스위퍼'로 인해 그는 완전히 변하게 된다. 이제 스위퍼가 된 트레인은 파트너 스벤 볼피드와 함께 범죄자들을 추적한다.
