카이토 카카즈를 중심으로 펼쳐지는 이야기. 조상 추모식에 참석한 카이토는 고양이 귀를 가진 소녀를 만나게 된다. 소녀는 자신을 에리스라고 소개하며 외계인이라고 주장한다. 곧이어 광신적인 외계인 숭배자들과 정체불명의 정부 기관이 에리스를 쫓지만, CIA 요원이 되려는 꿈을 가진 카이토의 소꿉친구 마나미가 에리스를 붙잡는다. 카이토는 모두로부터 에리스를 보호해야 하는 상황에 놓이게 된다.