때는 2046년. 하루유키 아리타는 학교에서 가장 낮은 사회적 계층에 속한 어린 소년이다. 비참한 삶에 수치심을 느낀 하루유키는 가상 게임에 몰두하는 것으로만 현실을 견뎌낼 수 있었다. 하지만 학교에서 가장 인기 있는 소녀인 쿠로유키히메가 그에게 '브레인 버스트'라는 신비한 프로그램과 '액셀 월드'라는 가상 현실을 소개하면서 모든 것이 달라진다.