遠い未来、男女が別々の惑星で暮らす世界。 一人の貧しい整備士、ヒビキは、男性軍が開発した巨大戦闘マシン「ヴァンガード」のパイロットになることを夢見ていた。 そんな中、女性海賊たちが「ドレッド」と呼ばれる船で襲撃してくるという緊迫した状況下、彼は軍の宇宙船に潜り込む。 激しい戦闘の最中、偶然にも男女の船は衝突し、融合。後に「ニルヴァーナ」と名付けられる新たな船となった。 ヒビキと他の二人の男性は、女性クルーたちと共に、宇宙の深淵へと迷い込んでしまう。 生き残るため、そして全人類に迫る新たな脅威に立ち向かうため、男女は共に生きる術を学ばなければならない。