ジャスティス・ホールに再び本拠地を置いたスーパーフレンズは、レックス・ルーサー、スケアクロウ、ダークサイドといったお馴染みの敵と戦った。『スーパーフレンズ：チャレンジ』に次いで、『スーパーパワーズ・チーム：ギャラクティック・ガーディアンズ』はDCコミックスのスーパーヒーローのテレビ化としては最も忠実な作品の一つだった。前作『スーパーフレンズ：ザ・レジェンダリー・スーパーパワーズ・ショー』と同様に、『ギャラクティック・ガーディアンズ』ではアダム・ウェストがバットマンを演じ、スーパーマンやロビンも登場した。また、比較的最近登場したスーパーヒーローであるファイアストームやサイボーグ、そして過去のスーパーフレンズのメンバー（サムライ、グリーンランタン、アクアマン、ワンダーウーマン、ホークマン、フラッシュ）もフィーチャーされた。本作では、アポコリプスのダークサイドとその手下であるカリバック、デサードが主な敵として登場した。他のDCの悪役（ジョーカー、レックス・ルーサー、ペンギン、スケアクロウ、フェリックス・フォースト、ジョーカー、ペンギン、ブレインiacなど）も時折姿を見せた。