『鋼鉄神ジーグ』の物語は、オリジナルから50年後を舞台に、新たなキャラクターたちが登場します。主人公は高校生でバイクレーサーの草薙剣士。彼は、火巫女女王が支配するハニワ幻神（埴輪ロボット）の帝国、ヤマダ帝国が突如として復活したことに立ち向かうため、鋼鉄神ジーグとなります。