「ジェイク 2.0」は、NSAのコンピュータ技術者ジェイク・フォーリーが、ナノテクノロジーに基づくナノボットに偶然感染し、秘密エージェントに変身する物語です。このナノボットはコンピュータのサイズを分子レベルまで縮小するもので、彼に超人的な能力を与えます。新たな能力を持つ彼は、あらゆる電子機器にハッキングし、制御することができます。彼の医療的および感情的な状態は、NSAの仕事にはあまりにも人間的なドクター・ダイアン・ヒューズによって慎重に監視されています。NSAでの初期の任務に苦しむジェイクは、自らを証明し、結果を出さなければ「研究」のために閉じ込められてしまうのです。