1999年ロシア大統領選挙。有力候補は、元KGB大佐のイーゴリ・コマーロフと、ロシア陸軍の退役将軍ニコライ・ニコラエフ。コマーロフの製薬会社の前に車爆弾が爆発し、内部からウイルスが盗まれた。ロシア連邦保安庁（FSB）の捜査が開始され、FSB捜査官のソーニャ・アストロワとアンドレイ・カサノフが指揮を執る。しかし、彼らの捜査はFSB長官のアナトリー・グリシンによって妨害される。