ドリームキャスト、セガサターン、メガドライブが、東京・羽田大鳥居駅に新設された「セハガガ学園」に入学した少女たちとして生まれ変わる。卒業に必要な課題を、怪しげな先生から与えられる。この課題をクリアするため、少女たちはセガのゲームの世界に飛び込み、無事に卒業を目指す。