舞台は、もう一つの1969年の日本。秘密裏に進められる政府の極秘作戦「イージス」の下に、地球征服を目論む敵――その名も「インベーダー」――に対抗するため、特別な力を持つ少年少女たちが集められていた。インベーダーは一般市民を操り、ゾンビに変えてしまう。彼らを根絶できるのは、インベーダーの次元と我々の次元を隔てる「ゲート」を開く特殊能力を持つ、イージス隊員、通称「ゲートキーパー」だけだ。物語は、普通の高校生、浮谷瞬がインベーダーの襲撃を目撃するところから始まる。自身も特殊能力者であることを悟った彼は、すぐにイージスにスカウトされる。隊員それぞれが、魔法の矢から幻覚作用のあるピアノ曲まで、様々な能力と攻撃方法を持っている。物語の鍵を握るのは、経験豊富なイージス隊員、るり子。明らかに強力な瞬がチームに加わったことで、自身の価値を証明するために奮闘することになる。