クリーンナーズは、魅力的な若い女性二人が、高度に訓練された致命的な契約殺し屋チームであることが明らかになる物語です。シーズン1では、ボスの依頼がうまくいかず、二人はすぐにボスのクライアントであるFBIや、彼ら自身のボスの暗殺者チームの標的となってしまいます。シーズン2は、シーズン1の終了から2週間後のカリブ海の島で始まります。ヴェロニカとロクシーは、まだ過去から逃げ切れていないことに気づきます… 女性の暗殺者たちは、大規模な麻薬カルテルを壊滅させようと奮闘し、彼女たちを追い詰めようとする「マザー」の罠に巻き込まれます。その間、バーンズ捜査官は「マザー」を倒すための任務に取り組んでいます。