第三次世界大戦も宇宙人の侵略もない、私たちの時代よりも少し先の、ありふれた未来。ロボットが生活の一部となり、社会の様々な場面で活躍している世界。そんな世界で、人間をサポートするために作られた、身長15センチの可愛らしいパートナー「神姫（しんき）」。知性と感情を持ち、マスターに尽くす彼女たちは、武器や装甲を装備して戦うこともできる。それが「武装神姫（ぶそうしんき）」。特に、神姫のアン（Arnval）、アイネス（Altines）、レーネ（Altlene）は、高校一年生の主人公マサトに仕えていた。しかし、新たな神姫、好戦的なストラフ（Strarf）が加わったことで、事態は変化していく。