転校してきたばかりの小学6年生、須藤美咲。叔母さんの元で東京での新生活を始めた彼女は、そこで「エンジェリックレイヤー」という不思議なマーチャンダイジング現象に出会う。エンジェリックレイヤーとは、人形を購入し、自分好みにカスタマイズできるというもの。完成した人形は、最新技術によって「レイヤー」と呼ばれるフィールド内で、持ち主の思い通りに動かすことができるのだ。 フィールドでは、観光地や特別なトーナメントで、エンジェリックレイヤーの頂点を決めるバトルが繰り広げられる。そんな中、美咲は「いっちゃん」と名乗る謎の男と出会い、ゲームの世界へと引き込まれていく。いっちゃんは、美咲に、史上最高のプレイヤーになるための高い潜在能力があると、なぜか信じているのだった。