A seguito degli eventi de "The Young Pope", il Segretario di Stato Voiello riesce a far salire al soglio pontificio Sir John Brannox, un affascinante e sofisticato aristocratico inglese moderato, che adotta il nome di Giovanni Paolo III. Il nuovo papa sembra ideale, ma nasconde segreti e una certa fragilità, e Voiello capisce subito che non sarà facile sostituire il carismatico Pio XIII. Appeso tra la vita e la morte, Lenny Belardo è diventato un Santo, con migliaia di persone che ora lo idolizzano, alimentando il contrasto tra i fondamentalisti. Nel frattempo, la Chiesa è sotto attacco da minacce esterne e scandali che colpiscono i simboli del cristianesimo e rischiano di devastare irrimediabilmente le gerarchie.