Samurai Jack è un coraggioso e onorevole samurai proveniente da un passato lontano, intrappolato in un futuro da incubo. È terrorizzato dal suo giurato nemico, il malvagio demone mutaforma Aku. Intraprende una missione per trovare un modo per tornare indietro nel tempo e fermare Aku una volta per tutte.