Nel 1999, un'astronave aliena si schianta sull'isola di South Atalia. Gli umani scoprono così di non essere soli nello spazio. Dieci anni dopo, l'astronave è stata ricostruita e ribattezzata SDF-1 Macross. Tuttavia, il giorno del suo decollo, una specie chiamata Zentraedi arriva sulla Terra, dando inizio alla guerra tra UN Spacy e Zentraedi che cambierà per sempre la storia di queste due specie.