In un mondo dove il tempo scorre a passo di lumaca e il sangue del tuo vicino è blu, lo studente liceale diciassettenne Ayato Kamina vive la sua vita quotidiana a Tokyo Jupiter, ignaro del mondo che lo circonda, avendo appreso che tutta la civiltà, eccetto Tokyo, è stata distrutta. Ma tutto cambia quando la misteriosa civiltà "MU" invade la sua casa, scatenando distruzione dal cielo sotto forma di strani mostri chiamati Dolem. Gli eventi che seguono porteranno Ayato alla misteriosa donna di nome Reika Mishima, alla verità sulla loro esistenza, alla scoperta di cosa e chi sia, e al potente robot angelico RahXephon.