Persona -trinity soul- è ambientato dieci anni dopo la fine di Persona 3. La storia si svolge nella città di Ayanagi, situata vicino al Mar del Giappone, dove la polizia inizia a indagare su diversi casi legati a una misteriosa malattia chiamata Sindrome dell'Apatia. Nel pieno della crisi, due fratelli, Shin e Jun Kanzato, tornano ad Ayanagi per rivedere il loro fratello maggiore Ryō, ora Sovrintendente della Polizia di Ayanagi. Sono passati dieci anni dall'ultima volta che i tre fratelli si sono incontrati.