La Maggiore Motoko Kusanagi è una bellissima ma letale cyborg, leader della Sezione 9, l'unità clandestina del governo giapponese assegnata a combattere il terrorismo e la guerra informatica. Circondata da un team altamente addestrato, Motoko affronta la sua sfida più grande: il Laughing Man, un terrorista che ha orchestrato un complotto di rapimento ed estorsione molti anni fa e che è riapparso improvvisamente. Per scoprire l'identità di questo enigmatico criminale, Motoko e la Sezione 9 vengono trascinati in un labirinto mortale e dovranno usare tutta la loro esperienza per sopravvivere.