La storia di Chaos;Head è ambientata nel 2009 a Shibuya e ruota attorno a Takumi Nishijō, uno studente liceale della scuola privata Suimei Academy, e ai bizzarri e brutali omicidi che si sono verificati di recente nell'area di Shibuya, noti come la follia della "Nuova Generazione". La storia inizia il 28 settembre con Takumi che parla con un amico online di nome Grim. Grim sta cercando di aggiornare Takumi sugli eventi recenti della Nuova Generazione, dato che Takumi non è interessato alle notizie locali o internazionali. Una persona di nome Shogun si unisce alla chat room a metà della conversazione tra Grim e Takumi. Dopo che Grim lascia la chat room, Shōgun inizia a parlare. Parla in modo molto criptico e confuso, lasciando Takumi nervoso. Invia quindi a Takumi una raffica di link di immagini, una delle quali sembra essere di un brutale omicidio di un uomo inchiodato a un muro con dei paletti.