Butterfly ruota attorno a David Jung, un enigmatico e altamente imprevedibile ex agente dell'intelligence statunitense residente in Corea del Sud, la cui vita viene fatta a pezzi quando le conseguenze di una decisione impossibile presa in passato tornano a perseguitarlo, ritrovandosi braccato da Rebecca, una giovane e letale agente sociopatica incaricata di ucciderlo.