Il mondo è segretamente controllato da un'organizzazione segreta, Chronos. Sotto il comando di questa misteriosa organizzazione ci sono i Chronos Numbers, un gruppo di potenti assassini che ricevono ordini per eliminare segretamente determinati bersagli al fine di mantenere la cosiddetta pace. Uno dei più potenti è il Numero XIII, Train Heartnet, noto anche come Black Cat. All'inizio sembra un crudele assassino, tuttavia un incontro con una ragazza Sweeper lo ha cambiato completamente. Ora, come Sweeper, Train viaggia con il suo partner Sven Vollfield per dare la caccia ai criminali.