Un futuro prossimo, in cui gli esseri umani sono stati sconfitti dai parassiti virali chiamati Gastrea. Sono stati esiliati in un piccolo territorio e vivono nella disperazione, fianco a fianco nel terrore. In questo mondo intrappolato nell'oscurità— Rentaro, un ragazzo che vive vicino a Tokyo e membro della "Civil Security"—un'organizzazione specializzata nella lotta contro i Gastrea—è abituato a portare a termine compiti pericolosi. La sua partner è Enju, una bambina precoce. Combattono grazie ai loro poteri peculiari fino a quando, un giorno, ricevono un incarico speciale dal governo. Questa missione top secret è impedire la distruzione di Tokyo... Ambientata in un futuro prossimo, questa elettrizzante storia eroico-d'azione... inizia ora!