Pada hari pertama SMA, seorang gadis cantik bernama Haruhi Suzumiya memperkenalkan diri dengan mengatakan "tidak tertarik pada manusia biasa". Dia meminta alien, penjelajah waktu, slider, atau esper untuk bergabung dengannya. Mengamati perilaku anehnya adalah Kyon, seorang anak laki-laki yang duduk di depan Haruhi dan satu-satunya orang yang berbicara dengannya. Mengomentari Haruhi yang bergabung dengan setiap klub di sekolah lalu keluar, Kyon tanpa sadar memberi Haruhi ide untuk memulai klub ekstrakurikulernya sendiri. Sejak saat itu, Kyon dan beberapa orang lainnya mendapati diri mereka secara harfiah diseret ke dalam Brigade Penyelamat Dunia dengan Membanjirinya dengan Kesenangan Suzumiya Haruhi (disingkat Brigade S.O.S.).